PKPT IPNU IPPNU STAIN Kediri didirikan oleh sekelompok aktivis mahasiswa STAIN Kediri yang tergabung dalam wadah bernama Hidayatur Roiyah (HR), sebuah organisasi yang menaungi berbagai kelompok aktivis kampus. HR menjadi tempat berkumpulnya mahasiswa yang aktif dalam organisasi intra kampus seperti Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) STAIN Kediri. Melalui kerja sama dengan PC IPNU IPPNU Kota Kediri, HR menginisiasi pembentukan forum bernama FORMASI (Forum Mahasiswa Santri) pada tahun 2004, yang dipimpin oleh Gus Imam Muttaqin, Presiden Mahasiswa STAIN Kediri periode tahun 2002–2004, yang kini menjadi Pembina PKPT IPNU IPPNU IAIN Kediri. FORMASI bertujuan sebagai wadah diskusi, pengembangan intelektual, dan media perjuangan di masyarakat.
Namun, pada tahun 2006, nama FORMASI diubah menjadi LIMAS (Lingkaran Mahasiswa Santri), karena adanya kesamaan nama dengan Forum Mahasiswa Syariah. LIMAS, yang saat itu dipimpin oleh Rekan Roziqin, fokus pada kegiatan keagamaan seperti kajian Islam di masjid atau mushola sekitar kampus, yang ditujukan bagi mahasiswa dan masyarakat umum. Karena fokus LIMAS lebih kepada masyarakat umum, para pelopor HR merasa perlu membentuk wadah khusus bagi mahasiswa Nahdlatul Ulama.
Maka, pada tahun tersebut, didirikanlah JMNU (Jaringan Mahasiswa Nahdlatul Ulama) yang diketuai oleh Rekan Anis Ramzi, dengan tujuan menyebarkan nilai-nilai Ahlus Sunnah wal Jamaah An-Nahdliyah kepada mahasiswa STAIN Kediri, terutama karena banyak mahasiswa Nahdliyin mulai meninggalkan tradisi ke-NU-an. Beberapa tokoh HR yang juga merupakan pengurus PC IPNU IPPNU Kota Kediri kemudian mengetahui bahwa IPNU IPPNU memiliki struktur organisasi khusus di tingkat perguruan tinggi, yaitu PKPT.
Informasi ini diperoleh saat mengikuti Kongres IPNU ke-XV di Jakarta. Hal ini membuka peluang untuk menjadikan LIMAS dan JMNU bagian dari organisasi yang memiliki struktur dan payung hukum resmi, yaitu IPNU IPPNU. Para tokoh HR sepakat menggabungkan aktivitas mereka ke dalam IPNU IPPNU sebagai Badan Otonom Nahdlatul Ulama, demi memperkuat posisi kelembagaan dan mendapatkan legitimasi yang sah. Panitia persiapan pendirian PKPT IPNU IPPNU STAIN Kediri kemudian dibentuk, dengan rekan Ni'am sebagai ketua.
Namun, proses pendiriannya tidak berjalan mudah karena adanya penolakan dari berbagai pihak yang menganggap bahwa organisasi pelajar seperti IPNU IPPNU tidak cocok berada di lingkungan perguruan tinggi, termasuk di STAIN Kediri.
Meskipun demikian, panitia tetap bertekad mendirikan PKPT IPNU IPPNU sebagai bentuk kepedulian terhadap mahasiswa NU yang mulai menjauh dari nilai-nilai tradisi dan syariat Islam. Panitia bekerja sama dengan PC IPNU IPPNU Kota Kediri yang diketuai oleh Rekan Khairudin Musthofa dan Rekanita Devwi Nafiah, serta BEM STAIN yang saat itu dipimpin oleh Rekan Didik Santoso, yang juga merupakan Ketua HR.
Dengan memanfaatkan jaringan antar kampus, Rekan Didik Santoso mengajak BEM dari kampus lain di Kota Kediri, seperti STAI Tribakti dan Universitas Kadiri (UNIK), untuk mendukung pendirian PKPT. Dukungan juga datang dari Agus Prajoko (BEM STITM) dan Imam Muslih (Ketua BEM Universitas Nusantara PGRI), yang berkomitmen mendirikan PKPT di kampus masing-masing. Gus Imam Muttaqin dari Pondok Pesantren HY Lirboyo juga memberikan dukungan melalui jaringannya dan berhasil mendapatkan restu dari para masyayikh dan tokoh pesantren Lirboyo.
Akhirnya, setelah mendapat dukungan dari berbagai pihak dan melalui forum kiai serta tokoh NU di kediaman Gus Ab, disepakati pendirian PKPT IPNU IPPNU di lima kampus. Pada 21 April 2007, PKPT IPNU IPPNU resmi dideklarasikan di Universitas Kadiri (UNIK), dipimpin oleh KH. Reza Ahmad Zahid, Lc., MA, pengasuh Pondok Pesantren HM Al-Mahrusiyah Lirboyo Kediri.
Penulis Rekan Alvenda